Antes de seguir vamos a explicar un poco por encima algunos conceptos.

Las particiones:

Imaginemos que tenemos un armario, podemos tener un armario con o sin cajones. Si tenemos un armario con cajones en cada cajón guardamos una cosa, en uno los jerseys, y en otro las camisetas. Un ejemplo un poco cutre, pero igual puede servir para entenderlo mejor.
El disco duro lo podemos dejar en una sola partición (un armario entero sin cajones), donde ahí lo instalaremos todo, o crear varias particiones, donde por ejemplo en una instalaremos el sistema operativo (el cajón para almacenar los jerseys) y en otra por ejemplo, nuestros archivos y documentos (el cajón de las camisetas).

No es obligatorio particionar el disco duro si sólo vas a trabajar con un sistema operativo, pero nunca viene mal, en cuestión por ejemplo de organización o de rapidez a la hora de formatear o hacer algunas operaciones, sobre todo si el disco es de un gran tamaño. No es lo mismo por ejemplo hacerle una desfragmentación a una partición de 10 gigas, que a una de 60.

Si vas a trabajar con más de un sistema operativo, por ejemplo, quieres poner en tu máquina Linux y Windows, es obligatorio particionar, ya que cada uno debe ir montado en una partición distinta. O si vas a trabajar con diferentes sistemas de archivo (FAT32, NTFS, etc)

Las particiones pueden ser primarias o extendidas (y dentro de las extendidas se crean las unidades lógicas).

Las particiones primarias van desde el principio del disco duro hasta el final o hasta donde nosotros le indiquemos (máximo de 4) y las extendidas van desde el final de la partición primaria hasta el final del disco duro.

Windows necesita ser instalado en una partición primaria.

Las partes del disco duro que no han sido particionadas no serán accesibles. Esto quiere decir que si por ejemplo tenemos un disco duro de 40gb y creamos una partición de 20 para instalar nuestro sistema operativo, pero con los 20 restantes no hacemos nada, los dejamos tal cual, no serán accesibles para poner ahí nuestras cosas. Ni le hemos dado formato, ni le hemos establecido un sistema de archivos ni le hemos hecho nada.

Para particionar el disco duro podemos hacerlo mediante el comando FDISK, Partition Magic o el CD del propio sistema operativo.

En el post anterior hablamos de crear un disco de inicio, pues bien con ese disco también podemos acceder al comando fdisk. Sólo tendremos que arrancar el pc con el disquette y escribir:

a:\fdisk

Sería extenderme demasiado, así que aquí os dejo un enlace donde podéis ver los pasos a seguir para hacerlo de esta manera.

O si prefieres hacerlo con el programa Partition Magic (aunque aquí lo explica con la versión 7.0, actualmente creo que existe hasta la 8.0, pero imagino que el funcionamiento y los pasos a seguir serán básicamente los mismos).

Si vas a instalar Windows XP o 2000 también podrás hacerlo desde el propio cd.

Después de particionar hay que darle formato al disco.

Sistema de archivos

Básicamente dos, que son las más usados hoy en día en sistemas Windows, FAT32 y NTFS.

FAT32:

Definición de cluster, según la Wikipedia:Un clúster (o unidad de asignación según la terminología de Microsoft) es un conjunto contiguo de sectores que componen la unidad más pequeña de almacenamiento de un disco. Los archivos se almacenan en uno o varios clústeres, dependiendo de su tamaño. Sin embargo, si el archivo es más pequeño que un clúster, éste ocupa el clúster completo.

El tamaño de los clústeres depende del sistema de archivos empleado, por lo que el espacio de almacenamiento perdido debido a los archivos que ocupan menos que el tamaño del clúster no es independiente del sistema de archivos que emplee el disco.

Una explicación mucho más detallada, aquí

Será el sistema de archivos que tendrás que elegir si instalas Windows98, ya que no reconoce NTFS.

NTFS:

Sus caracterísiticas y ventajas frente a FAT32, según Microsoft